Университет является ядром научно-образовательного медицинского кластера СКФО — «Северо-Кавказский», объединяющего восемь вузов региона

За девять лет деятельности кластера были гармонизированы образовательные подходы, учебные планы и рабочие программы вузов — участников НОМК; инициировано создание новых межвузовских научных коллективов, работающих по актуальным направлениям развития медицинской науки; оказана помощь вузам в совершенствовании маркетинговой стратегии набора иностранных студентов, появилась уникальная молодежная структура — Академия отличников, в которую вошли лучшие студенты всех образовательных организаций — участниц кластера. Президентом Академии отличников является губернатор Ставропольского края В. В. ВЛАДИМИРОВ. Участники Академии отличников совместно с инновационным центром «Сколково» ведут научные исследования в области искусственного интеллекта и его внедрения в практическое здравоохранение Ставропольского края, работают по программе здоровьесбережения молодежи Ставропольского края и Северо-Кавказского региона.

По результатам мониторинга эффективности вузов, проводимого Министерством образования и науки Российской Федерации, университет стабильно подтверждает соответствие критериальным показателям по каждому из анализируемых направлений работы, а по некоторым — значительно превышает пороговые значения.

С 2021 года СтГМУ в числе ведущих медицинских университетов страны представлен в топ-100 лучших российских вузов по версии журнала Forbes, где оценивались следующие параметры: качество образования, нетворкинг, востребованность выпускников среди работодателей, присутствие вуза в ведущих итоговых рейтингах.