С 2006 года бесперебойную работу Надымского аэропорта обеспечивает АО «Надымское авиапредприятие», образованное на базе ФГУП «Надымское авиапредприятие» Тюменской области.
АО «Надымское авиапредприятие» предоставляет услуги по приему и выпуску воздушных судов, инженерно-авиационное обслуживание воздушных судов, оказание аэропортовых и наземных услуг по обслуживанию воздушных судов, организации перевозок пассажиров и грузов.
Сегодня авиапредприятие обслуживает следующие типы воздушных судов: Ил-18, Ил-76, Ту-134, Ту-154 В, Б-737-300, Б-737-400, Б-737-500, Б-737-700, Б-737-800, А- 320-200, А-321, А-319-100, Як-40, Як-42, Ан-12, Ан-74, Ан-72, Ан-30, Ан-148, Ан-24, Ан-26, Л-410, АТР-42, CRJ 100/200, RRJ-95 (SSJ-100), ЕМБ – 120, Embraer Legacy 600, 145, 170, 190, Falcon 900, Gulfstream G650, Hawker-125-800, Learjet-LJ60, Pilatus-PC12, Cessna-C680, Вeechcraft King air B300, вертолеты всех типов.
Для обслуживания пассажиров Надымский аэропорт оснащен современным терминалом с просторной зоной ожидания. В настоящее время проводится реконструкция прилегающей территории аэропорта.